Sonny Burnett, rinchiuso ad Alcatraz nel 1960 per il rapimento di persone benestanti, ricompare a giorni nostri, intenzionato a vendicarsi del direttore Tiller per il trattamento ricevuto nel passato. Il team scopre che il sangue prelevato ai prigionieri nel 1963 ha connessioni con i fatti che si stanno verificando nel presente. E il legame tra Rebecca, Ray e Tommy viene ulteriormente analizzato.